Ryby jedí své jídlo a tráví ho. Všechno, co nemohou použít, vylučují zpět do vody.
Voda je přiváděna do krabice dlouhou trubkou. Rostliny rostou v malých košících nad truhlíkem. Kořeny vyčnívají skrz koše do vody a vytahují látky vylučované rybami. Vyčištěná voda pak odtéká zpět do akvária.
Rostliny lze sklízet a krmit tak obyvatele zoo. Některé ryby také jedí z rostlin.
Voda z krabic je tak čistá, že už se nemusí filtrovat. Může sloužit jako dobré stanoviště pro ryby.
Akvaponická zařízení kombinují pěstování rostlin s chovem vodních živočichů. Už existují velké rostliny, které produkují spoustu jídla.